A mesma fortificação coloca em evidência um outro personagem de grande relevo: o bispo Marcos Teixeira, que, "sendo rogado que quisesse ir benzer a primeira pedra que se lançou no cimento do forte, não quis ir, dizendo que se lá fôsse seria antes amaldiçoá-la, pois fazendo-se o dito forte cessaria a obra da sé, que se fazia do dinheiro da imposição". Na verdade, Frei Vicente, insuspeito nesta matéria, garante que o governador já reservara "seis mil cruzados para correr a obra da sé".

O conflito entre ambas autoridades era já antigo. Chegava o bispo à Bahia, em 8 de dezembro de 1622 - data particularmente solene por ser a festa da Imaculada Conceição -, quando aconteceu o desentendimento inicial. Enquanto Teixeira se achava no dever de "ir revestido da capa de asperges, mitra e báculo, lançando bênçãos ao povo, como manda o cerimonial romano", Mendonça Furtado fazia questão de "ir debaixo do pálio praticando com êle". Não tendo chegado a nenhum acordo, o governador optou por não assistir à recepção, fazendo-se representar pelo chanceler e outros desembargadores da Relação. A meia-solução não evitou que logo aparecessem novas dúvidas, desta vez sobre o precedência de ambas as autoridades nos ofícios religiosos. A Coroa determinou "que o governador se assente à parte da epístola, e primeiro se incensasse o bispo e depois o governador". Ainda insatisfeito, Mendonça requereu a precedência nas solenidades oficiais. A uma consulta do Desembargo do Paço, o rei respondeu, em 3 de julho de 1624, "que, nos actos públicos em que concorrerem, ha de preceder o Bispo". Nenhum dos litigantes estava já em posição de participar de solenidades. Mendonça Furtado estava preso pelos holandeses e Marcos Teixeira lutava na clandestinidade.

Mas não só contra o governador digladiava Marcos Teixeira. Logo que tomou conta da diocese, requisitou e obteve da Coroa a restituição da prelazia de Pernambuco, que, anos antes, fora separada do bispado. Obteve também, embora não conste que ele o tivesse pedido, o cargo de Inquisidor do Estado do Brasil. De fato, ele havia ocupado já essa função em Évora, era formado em Direito Canônico e exercitara a docência em Coimbra. Com estes antecedentes e o caráter combativo do bispo, o choque com a Relação era inevitável. Se a delimitação entre a Justiça e as outras funções de governo era imprecisa, entre a Justiça civil e a eclesiástica existia uma verdadeira linha de fogo. O conflito estourou quando Teixeira mandou embarcar para o reino dois portugueses casados, que viviam amancebados na Bahia. O procurador da Coroa, Francisco Mendes Marrecos, apoiado por outros membros do tribunal, se opôs à medida, considerando que o bispo não tinha alçada para tanto. Como era de se esperar, o bispo respondeu com a excomunhão do procurador e o recurso à Lisboa. Foi uma das poucas derrotas do seu breve episcopado. O rei estranhou o bispo "haver excomungado o Procurador da Corôa por requerer o direito della, como parte", admitindo, no entanto, que, se o próprio Mendes Marrecos houvesse cometido algum excesso, "seja logo reprehendido".

À semelhança do período anterior, pouco ou nada sabemos da rotina do tribunal nessa segunda etapa. Apenas algumas resoluções, que repercutiram em Lisboa, nos chegaram por meio dos arquivos portugueses. Uma delas, de particular interesse, é uma carta régia de 17 de janeiro de 1624 "sobre os sovas e negros livres, que João Corrêa de Sousa, Governador que foi de Angola, enviou ao Brasil, por respeito da guerra de Casange", os que deveriam "tornar a Angola, a custa de João Corrêa". O episódio joga luz sobre um aspecto pouco considerado da história da escravidão. Independentemente da inumanidade intrínseca dessa instituição, na época era uma atividade regulamentada e sujeita a normas de direito claramente estabelecidas.

Algumas disposições gerais viriam ainda a modificar a rotina do tribunal baiano. Uma delas, de 18 de janeiro, proibia mandar presos a Portugal, sem prévia autorização da Coroa, "pela grande vexação e moléstia que se ficará dando as partes, e grande risco que correm na viagem". A outra, de 5 de abril, dispunha que fossem considerados como automaticamente prorrogados os prazos de validade - normalmente, três anos - dos cargos oficiais providos nos "logares ultramarinos", se antes não fossem designados os sucessores. A medida apenas estabelecia, de direito, o que, de fato, era já uma prática constante. Os próprios membros da Relação ficaram nos seus cargos muito além do prazo estabelecido.