Em opinião contrária estavam os que achavam excessiva a implantação de um tribunal numa terra tão pobre. O Brasil não era ainda a opulenta colônia do século XVIII. A Relação seria um órgão de manutenção dispendiosa e atrairia, certamente, um séquito de advogados e rábulas que estimularia o crescimento desnecessário e artificial dos litígios. Entretecia-se, no fundo, a polêmica, constante, entre os que destacavam a existência real dos conflitos e pediam que alguém fosse enviado a resolvê-los e os que pensavam que tais conflitos seriam melhor solucionados pelos métodos antigos.

Prevalecendo as opiniões favoráveis, Felipe II autorizou a criação do Tribunal e, elaborado o regimento, nos moldes do recém-reformado da Casa da Suplicação, os dez primeiros desembargadores embarcaram para o Brasil: era 1588 e acompanhavam o governador designado, Francisco Giraldes. Mas, apesar dos progressos técnicos alcançados pelos portugueses, a navegação era ainda precária. O galeão São Lucas sofreu condições adversas e acabou procurando refúgio em Santo Domingo; ali, impedido pelas correntes marinhas estacionais de continuar para o sul, retornou a Portugal. A polêmica, que parecia definitivamente encerrada, recomeçou com a volta dos desembargadores, e se alastrou por mais dois anos. Diversas alternativas circularam entre a Coroa, o vice-rei e o Desembargo do Paço, até que Felipe II, em 26 de novembro de 1590, resolveu desistir definitivamente do projeto. O rei faleceu, em 1598, sem ver funcionando o tribunal que criara. Também as Ordenações, a culminação da sua obra de reformador da Justiça portuguesa, estavam ainda no manuscrito. Seu filho, Felipe III - segundo em Portugal - as mandou imprimir e observar em 1603.

A administração das colônias portuguesas mudou radicalmente em 1604. Até então, o seu governo estava dividido entre o Desembargo do Paço, o Conselho de Portugal, a Mesa da Consciência e alguns órgãos menores da área administrativa, como os Contos do Reino e Casa e os Vedores da Fazenda. Em 26 de julho desse ano, toda a administração das colônias foi centralizada no Conselho da Índia, órgão semelhante ao "Consejo de Indias", que tomava conta das colônias especificamente espanholas. Toda a correspondência do vice-rei e Relação da Índia, bem como a dos governadores, capitães, ouvidores e demais autoridades das colônias passava por ele. O seu presidente a recebia diretamente dos navios e, após consultar quatro conselheiros - dois de capa e espada, um letrado e um clérigo -, encaminhava as sugestões ao Vice-rei pelas mãos de dois secretários. O volume relativo destas atividades pode ser estimado considerando que, enquanto um destes secretários cuidava exclusivamente dos negócios da Índia, o outro estava encarregado de todas as outras colônias, o Brasil entre elas.

Apesar da desvantagem, o Brasil colheu alguns frutos desta reorganização da administração das Índias, sendo o principal deles, a aparição de um canal mais direto e específico para peticionar. Parece ter sido o governador Diogo Botelho quem primeiro lembrou ao Conselho a necessidade, ainda insatisfeita, do estabelecimento da Relação do Brasil. Não era, a julgar pelos documentos, um modelo de paladino da Justiça. Condenado à morte, em Portugal, pela sua resistência à posse de Felipe II, foi perdoado, já ao pé do patíbulo, por interferência de familiares do rei. A lembrança era tão forte que, ao chegar à Bahia, mandou arrancar o pelourinho da Praça do Palácio. Inobstante, requereu e conseguiu da Coroa que o restabelecimento da Relação fosse posto em análise. Felipe III mostrou-se favorável e, após quatro anos de consultas, a Relação do Brasil foi novamente regimentada, a 7 de março de 1609.