A jurisdição do primeiro tribunal chegava, em tese, até a linha do tratado de Tordesilhas que, embora nunca tivesse sido demarcado in situ, dividia teoricamente o continente, outorgando a Portugal o domínio sobre a parte oriental, aproximadamente um terço do atual território brasileiro. Essa linha vertical cruzava com outras, horizontais, tão teóricas quanto a primeira, dividindo o mapa em capitanias, a partir de pontos de referência marcados na costa atlântica. Essa geometria, simples, contrastava com a real ocupação do território, limitada a uma estreita faixa de engenhos e povoações distribuídos pelo litoral. As capitanias da costa norte não tinham sido ainda ocupadas, o que facilitaria, pouco depois, a invasão francesa do Maranhão.Tentativas existiam de penetrar o interior do continente. Algumas, violentas e efêmeras, restritas à caça do índio, não deixavam atrás de si mais que um rasto de morte e destruição. Outras, principalmente as baseadas na pecuária, iniciaram atividades produtivas e deixaram entrepostos de boiadeiros que seriam o início das primeiras povoações interioranas. Mesmo assim, a jurisdição que o novo tribunal pudesse exercitar sobre uma população tão dispersa era bastante duvidosa.

Um caso especial era o das minas, ainda uma miragem estimulada pelas noticias de Potosi e outras possessões espanholas, mas já suficiente para excitar a cobiça, não apenas de aventureiros isolados, mas da própria Coroa. Francisco de Sousa, governador (1591 a 1602), pesquisava a existência de jazidas no sul quando recebeu a notícia de sua substituição por Diogo Botelho. Já em Lisboa, empenhou esforços junto à Coroa para conseguir o controle completo da mineração. Com boas razões, chamado, no Brasil, de Francisco das Manhas, pediu e obteve, além do privilégio sobre as minas que descobrisse, o governo das três capitanias do sul, que foram separadas das restantes para formar um segundo governo-geral. Francisco de Sousa obteve, ainda, um alvará que ampliava a sua autoridade, exclusivamente em assuntos de minas, a todas as capitanias do Brasil, inclusive àquelas submetidas ao governo da Bahia.

Enquanto o Conselho das Índias avaliava a idéia de recriar a Relação do Brasil, Sousa aproveitou para propor a instalação de uma segunda Relação, complementando o novo governo, que estaria sediado no Rio de Janeiro. Não faltando quem achasse excessiva a criação de um tribunal no Brasil, a idéia de instalar dois tinha poucas esperanças de vingar, mas o novo governador conseguiu, ao menos, a criação de uma segunda ouvidoria-geral, concretizando, depois de várias décadas, o projeto de Tomé de Sousa. A nova Ouvidoria não era totalmente independente. Embora tivesse sobre as três capitanias a mesma autoridade que fora, até então, conferida ao Ouvidor Geral da Bahia, era obrigada a dar recurso de suas decisões à Relação e, a cada três anos, lhe seria tomada residência por um desembargador desse Tribunal. Desta maneira, a divisão que, sob os aspectos político, militar e administrativo, era completa, não o era no judiciário, que continuaria sob o controle de Salvador.

O ouvidor de Pernambuco, nomeado pela Coroa e instituído, como já vimos, pelo regimento da Relação, era apenas um simples preposto, designado para atender mais de perto os assuntos da mais rica e dinâmica capitania do Brasil. Já o do Maranhão era uma autoridade absolutamente independente, constituindo a primeira redução oficial da jurisdição da Relação do Brasil. Invadida em 1612 por La Ravardière e recuperada sem a intervenção dos donatários, que já tinham fracassado em colonizar os territórios recebidos, a capitania do Maranhão passou à propriedade da Coroa e, entre 1619 e 1623, se processou a sua separação do Brasil. Uniram-se a ela o Ceará, cujo reconhecimento começara durante a guerra, e o Pará, origem da posterior expansão amazônica. A primeira medida, antes mesmo da criação do Estado, foi a designação de um ouvidor geral, com atribuições e alçada semelhantes às do seu similar do sul, cujo regimento foi reformulado no mesmo ano. Porém, enquanto aquele continuava "dando appellação para a Relação do Estado do Brazil", o novo ouvidor a daria "para a Casa da Suplicação, pela maior facilidade de navegação que ha nas ditas partes do Maranhão para este Reino, que para a Bahia, onde está a Relação do Estado do Brazil".

O Brasil não era, em 1609, um território de população tão instável quanto a África ou a Índia. Enquanto nessas colônias a ambição pelo lucro rápido e fácil atraía uma multidão de aventureiros, desejosos de voltar a Portugal com riquezas e honrarias no menor tempo possível, o Brasil, sem especiarias, sem metais preciosos, sem porcelanas, sem produção de escravos, só oferecia oportunidades para aqueles que trabalhassem na terra ou na pecuária, atividades que dependiam de assentamentos estáveis e levavam bastante tempo para dar lucros dignos de consideração. Mesmo assim, essa população ainda se ressentia da falta de mulheres. Não que as índias fossem poucas ou esquivas. Muito pelo contrário. Pero Borges, ouvidor geral em 1550, informava, após a sua primeira correição, que muitos dos moradores que encontrara nas capitanias estavam "amancebados com hum par ao menos cada hum de gentias", e Nóbrega reafirmava: "Nesta terra ha um grande peccado, que é terem os homens quasi todos suas negras por mancebas [...] segundo o costume da terra, que é terem muitas mulheres".

O problema era, no fundo, o do preconceito racial. Os portugueses, que Nóbrega repreendia por concubinato, respondiam "que não tem mulheres com que casem" e, no melhor dos casos, como resultado da prédica "uns se casão com algumas mulheres, se as achão; outros com as mesmas negras, e outros pedem tempo para venderem as negras e se casarem". A solução, para Nóbrega, era o rei mandar algumas mulheres "ainda que fossem erradas, [...] contanto que não sejam taes que de todo tenhão perdido a vergonha." Que a sugestão foi aceita o confirma a própria Coroa quando, já em 1620, manda, "para que nas Ilhas de Cabo Verde e S. Thomé se extinguam, quanto fôr possivel, as castas de mulatos, que nellas ha", enviar para elas as mulheres "que se costumam degradar para o Brazil".

Aos aspectos racial e moral somava-se o efeito dessas relações sobre o povoamento e a estabilidade do Estado. Assim, Cardoso de Barros, o provedor-mor, afirmava que a cidade estava "muy vazia asy de casas como de jente" e que "aproveita mais hu homem casado que dez solteiros, porque os solteiros nam percurão senão como se am dir e os casados como am de enobrecer a terra e sostenta la". Assim, o fomento aos casamentos, nas colônias, virava problema de estado, e a Coroa enfrentou-o, dentre outros meios, com a proibição, diversas vezes reiterada, de fundar nelas conventos de freiras, o que levaria às candidatas a eles a acabarem casando. Outro recurso, usado desde os primeiros anos do Governo Geral, era o envio de "donzelas orphãs de bons paes". O último destes envios de que se tenha conhecimento aconteceu, precisamente em 1609, dando origem a um dos primeiros casos de que ocuparia a nova Relação. O registro é de Rodolfo Garcia, que, citando um documento da época, indica que "do mal que aconteceu as donzelas, pelo caminho, foi tirada devassa, e os dois irmãos [Sebastião e Afonso Martins] achados em culpa, foram presos e remetidos para a côrte, por ordem do governador D. Diogo de Menezes." O mesmo Garcia acrescenta: "Qual fosse esse mal, não se declara no documento citado, mas adivinha-se sem maior despendio de argucia".

Fora o problema das índias, os índios, em geral, eram motivo constante de preocupação, sendo, como já foi apontado, outro dos aspectos destacados no regimento. Desde o descobrimento, a partilha da América entre Espanha e Portugal foi negociada com a Santa Sé, na base da missão divina dos seus reis, de evangelizar e proteger os povos das terras por descobrir. No entanto, a prática diária evidenciava que esses propósitos não se cumpriam senão de maneira muito limitada. Apenas os jesuítas envidaram esforços sérios. Os colonos, pelo contrário, estavam mais interessados em trazer os índios como escravos, como era costume fazer com os negros da África. As próprias missões eram atacadas com freqüência, por serem grandes reuniões de índios, já pacificados e treinados, prontos para o trabalho. Lutando contra isso, e reclamando diante das autoridades, os jesuítas eram um obstáculo aos interesses de grande parte da sociedade colonial, e não poucas vezes foi solicitada a sua expulsão ou, no mínimo, o seu afastamento do controle das missões. Assim, em abril de 1604, a Coroa mandava consultar o bispo do Brasil a respeito de uma proposta do governador "sobre se porem nas aldêas dos gentios, Clerigos que os baptizem e doutrinem, tirando-se com isso a administração aos Religiosos".

Já os reis portugueses tinham tomado diversas providências e os espanhóis as continuaram. Em 1609, Felipe III, baseado em leis do seu pai e de D. Sebastião, declarou "todos os gentios d’aquelas partes do Brazil por livres, conforme a Direito", fazendo diversas reformas entre as que destacam a confirmação e estímulo às missões da Companmhia de Jesus, a liberação de todos os índios cativos, "sem embargo de os que delles estiverem de posse dizerem, que os compraram, e que por captivos lhes foram julgados por sentenças" e a obrigação de todos os que os empregassem - inclusive os jesuítas - de pagar pelo seu trabalho. Para cuidar dos seus direitos, manda "que nas povoações onde estiverem, aonde não houver Ouvidor dos Capitães, ou Governador, lhes ordene um Juiz particular, que seja portuguez, christão velho, de satisfação, o qual conhecerá das causas, que o gentio tiver com os mercadores, ou os mercadores com elle". A mesma lei incumbe ao "Chanceller da Relação, que ora vai ao Brazil, e ao diante fôr" de tirar devassa anual e proceder contra os culpados "breve e summariamente, sem mais ordem nem figura de Juizo que a que fôr necessaria para saber a verdade; e os despachará em Relação, como fôr justiça, conforme o seu Regimento".

Esta sorte de lei áurea de 1609 não demorou a levantar reclamações de todos os setores. Dois anos depois, em 10 de novembro de 1611, uma segunda lei confirmaria, na teoria, as declarações da anterior, mas estabelecendo sensíveis exceções e restrições à sua aplicação prática. Em linhas gerais, essas alterações poderiam ser resumidas nos seguintes termos:

a) Em caso de "guerra, rebellião e levantamento" essa guerra poderia ser declarada "justa", o que seria avaliado por uma junta composta pelo governador, o bispo, o chanceler, os desembargadores da Relação e todos os prelados que estiverem presentes, precisando a declaração ser confirmada pelo rei.

b) Sendo o perigo iminente, a guerra poderia ser empreendida sem essa confirmação, mas o cativeiro dos índios ficaria condicionado a posterior aprovação.

c) Admitia-se a escravidão de índios que fossem comprados de outras tribos que planejassem sacrificá-los e comê-los. Conforme o preço pago, a sua servidão seria perpétua ou temporária.

d) Instituia-se o cargo de "Capitães das Aldêas", designados pelo governador com parecer do chanceler e do provedor dos defuntos. Esses capitães ficariam encarregados de trazer as tribos à civilização, onde o governador, atendendo aos mesmos pareceres, os distribuiria em repartições "de até trezentos casaes [...] tão distantes dos engenhos e matas de páu do Brazil, que não possam prejudicar a uma cousa, nem a outra."

e) Os índios já cativos, que deveriam ser liberados conforme a lei anterior, seriam também incorporados aos aldeamentos e repartições.

f) Esses aldeamentos seriam administrados pelos mesmos "Capitães das Aldêas", que acumulariam atribuições judiciais com alçada até dez cruzados ou um mês de prisão, cabendo, acima desse limite, recurso aos ouvidores das capitanias e ao provedor-mor dos defuntos, que passava a ter competência específica em todas as causas que envolvessem a população indígena. Esses capitães controlariam, também, o serviço prestado pelos índios aos portugueses e o pagamento recebido.

g) Cada aldeia teria um "Cura, ou Vigario, que seja Clerigo Portuguez" e apenas "em falta delles" poderiam ser nomeados "Religiosos da Companhia". Os vigários seriam indicados pelo rei ou pelo governador e confirmados pelo bispo.

h) Capitães e vigários agiriam de acordo com o regimento a ser elaborado pelo governador, chanceler e provedor-mor dos defuntos, e submetido à aprovação da Coroa.

i) A lei mantinha, finalmente, a devassa anual, que deveria conduzir ao julgamento pela Relação de todos aqueles que a quebrantassem.

Embora a expulsão definitiva dos jesuítas só fosse acontecer mais de um século depois, a sua atuação ficava, a partir dessa lei, consideravelmente limitada, sendo uma das causas da concentração posterior dos seus esforços no território espanhol que, na época, incluía a área das missões riograndenses. A primeira lei está datada "em Madrid, a 30 de Julho de 1609". A segunda, "em Lisboa, a 10 de setembro. Anno do Nascimento do Nosso Senhor Jesu Christo de 1611". A mal disfarçada contradição entre ambas leva a pensar que se processasse entre elas uma luta entre o missionarismo espanhol e o pragmatismo português. As autoridades de Lisboa, mais ligadas aos interesses concretos da colônia, teriam procurado adaptá-los à lei de Felipe III, formalmente mantida, mas traída na sua essência. A Relação do Brasil aparece, em ambas as versões, como órgão assessor e executor, ficando, desde os primeiros anos da sua existência, no foco do conflito.

Mesmo entre os europeus, não faltavam pontos de fricção. Não parece ter havido muitos mouros. Os que deram nome ao bairro da Mouraria foram, na verdade, ciganos chegados a Salvador no século XVIII. Judeus, no entanto, abundavam. Não havia no Brasil tribunal do Santo Oficio, o que deve ter favorecido a radicação de "cristãos novos" que achavam melhores oportunidades que em Portugal. Não apenas comerciantes, mas até abastados senhores de engenho, eram judeus conversos, mal disfarçando, às vezes, a prática oculta de sua religião. Uma primeira "visitação" tivera lugar em 1591, com a chegada do inquisidor Heitor Furtado de Mendonça. Foram levantadas "denunciações" e diversas pessoas foram conduzidas a Portugal, entre elas Ana Roiz, que fazia parte da nascente aristocracia do açucar, e acabou queimada em auto de fé, em Lisboa. Outra visitação viria a acontecer em 1618, a cargo de um Marcos Teixeira que, conforme demonstrou conclusivamente Manoel de Aquino Barbosa, era apenas um homônimo daquele que depois seria bispo do Brasil.

Provavelmente à raiz desta segunda visitação, a Coroa começou a se preocupar com a necessidade de estabelecer um tribunal permanente, como de tempo atrás já existia em Goa. Governava Portugal uma junta integrada pelo bispo de Coimbra e inquisidor-geral do Reino, D. Martinho Afonso Mexia. A ele se dirigiu Felipe III, obtemperando, "por haver crescido muito a povoação do Estado do Brazil, e por a qualidade da gente que vive n’aquelle Estado [...] que tratando com os Deputados do Conselho Geral do Santo Officio se convirá introduzir no Brazil Ministros delle que assistam n’aquelle Estado de continuo, e quaes serão bastantes, ordenareis que, do que parecer, se faça consulta, que com o vosso me enviareis". Em 1622, o Conselho de Estado sugeriu o aproveitamento da Relação, já instalada, que seria, nessa função, presidida pelo bispo. Agora sim, o bispo em questão era o nosso conhecido Marcos Teixeira, depois chamado de "Bispo Soldado", que, coincidentemente, já tinha sido deputado do Santo Ofício e inquisidor do distrito de Évora. Não parece que a proposta tenha feito sucesso. Apenas o bispo foi confirmado nessa função, como indica uma carta de 8 de junho de 1823, reiterando, aliás, uma anterior, posto que o rei começa estranhando não haver sido aquela ainda cumprida: "Havendo tanto tempo que se os avisou da resolução que tomei, de que o Bispo do Brazil, D. Marcos Teixeira, tenha á sua conta as materias da Inquisição d’aquelle Estado, tenho intendido que até o presente, se lhe não tem enviado a Commissão necessaria". Em vista dos acontecimentos de 1624, é provável que nunca a tenha recebido, posto que o seu maior biógrafo, o já mencionado Manoel Barbosa, nada diz a respeito.

Com exceção da ocupação do ainda não colonizado Rio de Janeiro, por Villegaignon, entre 1555 e 1560, as incursões não portuguesas no Brasil, até 1609, não passavam de ataques isolados de piratas e aventureiros. Mesmo assim, as condições de defesa eram já motivo de preocupação. O Livro que dá Rezão do Estado do Brazil, escrito por um militar, fala dos fortes de Salvador, garantindo que "não defendem nada [...] por sua fraqueza e má traça, e é de crer que por se defender a qualquer delles, que estão uma legua da cidade, se aventure, dividindo a gente, a perder a mesma cidade, pelo que se adelgaçarão as forças". E acrescenta: "até o anno de 1611 foi acommetida quatro vezes de armadas inimigas, e as duas se livrou mais por boa fortuna que por razão de guerra".

Diante desta situação, a Justiça devia ser rigorosa. Andrade e Silva anota: "Por Carta Regia de 26 de outubro de 1613 foi determinado que os réos estrangeiros fossem sentenceados no Brazil, e que não fossem, de modo algum, remettidos para o Reino". Pouco depois, em 30 de julho de 1614, a Coroa estranhava uma consulta do Conselho da Índia "sobre a sentença de morte que se deu na Relação do Brazil, contra Joaquim e João Bret. Fel. francezes, e Guilherme e Thomaz inglezes, que foram tomados [carregando clandestinamente pau brasil] na Ilha Grande, limite da Capitania do Rio de Janeiro, e estão presos na cadêa da Bahia, por irem àquelle Estado, contra a Lei, porque está proibido aos estrangeiros". Manifestava, então, que "a minha Carta, que os Desembargadores d’aquella Relação tomaram por fundamento para sobrestar na execução da sentença, se não intende, nem póde intender, no caso de que se trata" e mandava advertir aos magistrados, "estranhando-lhes haverem dilatado a execução, e ordenando que para o diante se não faça mais". Paradoxalmente, a carta conclui com a comutação da pena de morte "em degredo para sempre para as galés", o que, de maneira alguma, poderia ser feito se a Relação tivesse realizado logo a execução por cujo adiamento era repreendida.